ネットに転がっている球場データ（STMファイル）はそのほとんどが’００版を基準にされています。
なので’９９版しか持っていない人はそのままでは上の画像のようになってしまうのではないでしょうか。
どうやら色化けの原因は、’９９版では画像（BMP）のパレットが同一の物を使っていることにあるようです。
’００版では様々な球場データがそのまま使えるところを見ると、この点は改良されているようですね。
これを回避するには追加した球場データの画像（BMP）パレットを既存（オリジナル）の物と統一しなければなりません。
ただ、一つ一つ手作業で行うのは困難というよりもはや不可能・・・
そこで一括変換が出来ないか調べてみたところ便利ツールがあったのでご紹介します。
まずはその便利ツールですが『GraphicsGale（フリー版）』といいます。（ツールlink参照）
機能制限の無い有償版もありますが、今回の作業だけを行うのであればフリー版で十分です。
作業には別途に『スタジアムエディタ’００』も必要です。（ツールlink参照）
これらをダウンロードし、インストールが終わったところから説明に入ります。
１．追加した球場データの編集
スタジアムエディタを起動して、追加した球場データ（例では札幌ドーム）を選び、ダブルクリックもしくは”更新”をクリック。
１）”保存形式”を「ベストプレープロ野球’００」から「ベストプレープロ野球（’９９）」に変更
２）”縮小”をクリック （これをしないと編集データの保存が出来ません）
３）”保存”をクリックしてBMPファイルを保存
４）編集したスタジアムデータを”保存”
ここまで終わったら一旦ウィンドウを閉じて構いません。
５）、６）の手順については後程出てきます。
２．オリジナル球場のデータからBMPを作成
次に既存（オリジナル）球場のデータを開きます。
開く球場データはどの球場でも構いません。（例はナゴヤドーム）
開いたら、ビットマップ(大)の”保存”をクリックしてBMPファイルを保存します。
３．オリジナル球場の画像からパレットを取得
GraphicsGaleを起動します。
先程保存した既存（オリジナル）球場のBMP画像を開いたら
パレットウィンドウの矢印のところをクリックして"パレットの保存"を選択し
任意の名前をつけて保存します。（保存先も任意で構いません）
保存したらこのファイルは閉じてしまってよいです。
４．パレットの統一
メニューの”ファイル”から”一括変換”を選択します。
右側のファイル欄から変換を行うファイルを全て選択します。
次に”オプション”タブを開いて、パレットファイルの”＿”（矢印部分）から、先程のパレットファイルを選択し
”ピクセルを色に合わせる”にチェックを入れます。
”アウトプット”タブを開いて、ファイルタイプから”BMP”を選択します。
上書きモードは好みで変更してください。
”変換”をクリックすると、右下に変換されたファイルが表示されます。
GraphicsGaleでの作業はここまで。
５．追加した球場データの編集
再びスタジアムエディタを起動して、追加した球場データを開きます。
５）ビットマップ(大)の”読込”をクリックし、BMPを選択
６）編集したスタジアムデータを”保存”
これで全ての作業が完了です。ゲームを起動して確認してみてください。
作業中に作成したBMPファイルやパレットファイルは削除しても問題ありませんでした。
ビットマップ(小)については特に触れなくても良さそうです。（ゲームで確認しましたが問題ありませんでした）
＜後記＞
パレットの統一で色化けが解消されるのは分かりましたが、一つ疑問が・・・
オリジナル球場から取得したパレットと、追加した球場のパレットでは使う色が違うはず。
それをオリジナル側に統一するということは「似たような色に置き換えている」のではないのかと・・・
パッと見は問題無さそうなのですが、実は色が違うところがあるのではないかと思ったのです。
もしかしたら球場データを作った作者のこだわりが消えてしまっているかと思うととても残念ですが、
旧バージョンに対応させる為には多少の劣化は仕方がない事だと割り切るしかないのでしょうかねェ。
＜追記＞
１２球団のホーム・準ホーム１３球場の内、手持ちの’00版最新球場データを移してみたところ
「ナゴヤ」、「神宮」、「横浜」、「スカイマーク」、「ヤフー」の５球場が、
上記のやり方で変換した場合、球場の”芝”が燦々たる状態になってしまうようです。
これは多分、’99版の統一パレットに適当に近い色が無い為にそうなってしまうものと思われます。
統一パレットは球場データ以外にも、ゲーム全般の色自体に関わっていると思われる為、これを弄るのは得策ではありません。
ある程度妥協して、パレットにある色の中で上手いこと塗り替えるのが良いと思います。