試合時間が長い
ＰＣ版に慣れてしまっていると試合進行の遅さが気になる。
１試合あたりＣＯＭモードではともすれば４０分程かかることもあり、１球ごと進行するＭＡＮモードは当然もっとかかる。
ＳＫＩＰモードもＰＣ版の様には進まずモッサリ感が残る。
シーズンのシミュレートには少し不向きかもしれない。
選手の動きに違和感を感じる
新機能の３D化の悪い面。
作り込みの甘さなのか、選手の動きがぎこちない上に違和感を感じるところが多々見受けられる。
動きにバリエーションが少ないのも原因の一つかもしれない。
COM監督の采配の悪さ
COM監督の采配の悪さはファミコン時代からあったものなので仕様と言えばそれまでだが
３D化の影響なのか目に見えて分かるようになると気になってくるものである。
例えば、代打の出し方や投手継投の際に対左・対右にもの凄くこだわっているだったり
チャンスの場面で（いくら竸っているとは言え）折角の代打にバントさせたり
結構多いのは一死１・３塁でピッチャーの打席、スクイズでも無くただの送りバントをさせる事。
作戦としてはアリだし次打者の方がマシと言うのも判るが、もう一捻り作戦を考えて欲しいと思う。
この辺りを見ているとつくづく「COM監督は試合効率が悪いなぁ・・・」と感じてしまう。
審判の判定
審判の判定も不可解な物が多い。
グラフィックが追いついていないだけなのかもしれないが、とんでもないクソボールにストライクとか
明らかにエラーなのにヒット（その逆も多い）とか、見ていてガッカリすることが多い。
そもそもプログラムがダメ
プログラムと言うか思考ルーチンがおかしい。
ベスプレシリーズに共通して野球に対する考えが古いのは仕方無いとは思うが（発売から年月も経っているしね）
それを差し引いてもこの新ペスプレに関しては「開発チームは本当に野球を知っているのか？」と疑いたくなる場面が多い。
３D化による『見せるプレー』のせいかもしれないが、２ストライク（２ナッシング）から３球勝負が多過ぎる。
あとデッドボールの数が尋常じゃ無い(笑)。あんなに当ててたら乱闘どころかケガ人続出になってしまう。
監督采配のところでも出たが代打の出し方なども含めてスタメンの選び方などが一昔前の野球ぽい。
対左のデータが基本-1なのは分かるが、左対左をそこまで嫌わなくてもいいんじゃないかと思う。
走塁指示にしてもいくら大量リードの場面だからってボテボテの内野ゴロにそこまで突っ込まなくても・・・という場面は多い。
現代野球のようなスモールベースボールをやりたいのであればＭＡＮでプレイしないと難しいかもしれない。
データの編集がやや困難
データ編集作業の操作性としては問題無いのだが、ＰＣ版のように気軽に新データを取り込む事が出来ないので
選手が入れ替わる度に手作業で直さなければならないのが面倒臭い。
とにかくバグが多い
ＳＫＩＰでは気付かないがＭＡＮもしくはCOMで試合を見ていると、とにかくバグが多いのに悩まされる。
ほぼ毎試合の様に発生するのは、タイムリーヒットの後、外野がバックホームしてランナーはセーフ。
塁上にはバッターランナーだけがいる場面で、なぜかそのランナーも本塁まで帰ってきて判定はセーフ（キャッチャーがいるのに）
その後、本塁から２塁へ直線的に帰ってまた３塁へ進み、そこでストップしてしまうバグ。
救いがあるのは暫く放っておけば元通りに再開されるのだが・・・
だが同様のケースで稀にランナーが複数いる場合、そしてバッターランナーが俊足だったりすると
不思議なことにバッターランナーがいなくなった状態で再開されてしまうバグがある。
この場合アウトカウントは増えずヒットや打点は記録されるものの、バッターランナーのみがいなくなるという・・・困ったものだ。
あとバグとまでは言えないが、バックホームの後バッターランナーが２塁に走ろうが２塁へは返球をしないのも問題。
ヘタをするとランナー２・３塁で内野を抜けるヒットが続くと、延々と２・３塁の状態が繰り返されることもある。
細かいところが気になる
見せる演出のやり過ぎまたは詰めの甘さが気になってくる。
１・３塁線へのゴロのファールは線を超えた（ファールになった）途端に追うのをやめてしまうのは緩慢なプレーに見える。
逆に、三振をした後”全ての”バッターがバットを叩きつける演出などやり過ぎだと思う。（絶好の好機に凡退なら分かるが）
見ているとストレスが溜まる演出の多さに時々「このゲームは精神修業をさせる気か？」と思ってしまうほど。
牽制シーンも滅多にアウトになることが無く、しかも４、５球投げたりする時もあってしつこい。
そこまでやっておいて結果はどちらかと言えば悪送球になるケースが多いのも気に障る部分だ。
全てのシーンにおいて躍動感と言うか一所懸命にプレーしている感じが伝わってこないのが残念でならない。